De Stichting Topklinische GGz is een netwerkorganisatie en heeft een bureau met negen medewerkers. De dagelijkse uitvoering van alle taken van de stichting ligt in handen van dit bureau, onder leiding van de directeur.
Het toezichthoudende bestuur bepaalt en bewaakt samen met de directeur de koers en is eindverantwoordelijk.
De stichting kent ook een deelnemersraad, een adviesraad en een visitatiecommissie. Verder faciliteert de stichting verschillende topreferente netwerken en platforms.
